从样本到报告——肿瘤NGS检测都经历了哪些?

　　肿瘤NGS(下一代基因测序)是一项非常重要的检测技术，可以帮助医生更全面的了解肿瘤的遗传信息，进而指导相应的治疗方案。

　　“准不准?”成了每位医生及患者最关心的问题。今天咱们就一起从拿到申请单，自样本开始，来看看肿瘤NGS检测是如何历经“层层把控”，到最终形成一份准确的报告的。

　　01、第一关

　　当我们接到申请单，首先需要核对患者信息和样本信息，核查检测项目是否符合患者疾病诊疗所需，核查检测样本是否满足检测需求，才能进行下一步工作：调取样本、病理评估以及核酸提取。

　　02、第二关

　　样本质控是NGS检测首要的一环，在这部分工作中，由于疾病的复杂性，肿瘤组织样本取材的不确定性，在满足病理诊断之后，临床实践中我们发现有5%-10%的样本不能满足NGS检测需求。主要包括：肿瘤细胞含量不足，提取的核酸浓度不足，肿瘤标本较为久远等原因。这种情况下，需要和临床医师结合患者病情，考虑重新取样或者采用液体活检技术进行检测。

　　03、第三关

　　NGS文库构建是一个复杂的实验过程，从核酸片段化、接头连接、预文库PCR扩增、探针杂交、捕获、文库扩增定量等六个环节，数十项操作，一般历时48小时才能完成。也是NGS技术复杂性的代表特征之一，双人审核，层层把关是实验质量保障的基础。确认无误后才能进行下一步：测序。

　　04、第四关

　　NGS测序一般在24小时-48小时，产出10Gb-1Tb数据。面对庞大的数据，已无法用人力直接对结果进行判断。借助生物信息学技术，依靠计算机(服务器)进行序列分析，对测序产出的数据进行比对分析。这是NGS技术复杂度高的第二大特征。在进行序列比对后，针对每个样本都需要核查测序质量，这其中涵盖测序深度、捕获效率、是否存在偏移等十数个指标，这些指标合格后才能初步得出每个样本的基因变异信息。

　　05、第五关

　　胜利在向我们招手，更加美好的未来需要我们共同创造。离目标愈近,精神应愈勇,奋斗应愈勇。面对检出的突变位点，首先在核查该位点的准确性之后，正确的解读是指导临床治疗的最重要的一环。在这里，需要通过基因及疾病数据库检索，核查每个位点和疾病发生发展的相关证据，判断每个突变位点和临床辅助诊断、靶向药物、预后判断等之间的相关性，并根据不同证据级别提示临床，这最终决定了 NGS 检测能否为肿瘤患者带来切实的临床获益。

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