基因检测科普之宏基因

　　医院获得性肺炎(hospital-acquired pneumonia，HAP)是指至少在入院48h后发生的肺炎,患者住院期间未接受有创机械通气、未处于病原感染的潜伏期,而于入院48h后新发,是常见的医院获得性感染疾病，包括细菌、真菌、病毒、原虫及支/衣原体等病原体引发的各类肺实质炎症。

　　宏基因组二代测序技术(metagenomics nextgeneration sequencing, mNGS)能够快速并且准确地检测各种临床样本中的病原微生物,显著提高病原检测的敏感性，大大缩短检测时间。mNGS检测范围广泛,能同时检测细菌、真菌、病毒、寄生虫等,在罕见和新发病原体的诊断及溯源上具有显著优势;同时, mNGS提高了肺部混合感染及真菌感染的诊断准确性,所以对于检测肺部感染病原体上具有重要作用和临床意义。但mNGS应用于临床尚有诸多问题需要解决,包括标本中人源污染影响低丰度微生物检出、生物信息学分析复杂、检测特异性略差、需专业人士进行结果解读等。

　　近期，《宏基因组学测序技术在成人医院获得性肺炎中的临床应用专家共识》在《中国急救复苏与灾害医学杂志》发布，旨在促进和规范mNGS在医院HAP诊疗中的合理应用，下面我们针对共识中的要点进行解析汇总。

　　报告解读

　　mNGS阳性阈值受到多种因素的影响,如测序平台、测序流程、测序数据量、样本类型、病原种类和患者情况等。目前,不同实验室结合实验与临床,确定出了不同的阳性阈值。

　　01、阳性结果的解读

　　共识7：建议HAP患者开展mNGS检测时,如检测到多种细菌时,需要考虑混合感染,同时结合临床表现综合考虑主要感染源。

　　共识8：建议HAP患者开展mNGS检测时,如检测到毒力基因,需要重点考虑高毒力肺炎克雷伯菌,如检测到耐药基因,避免使用耐药基因对应的抗生素,但可以通过药敏试验对耐药基因进行验证。

　　共识9：建议HAP患者开展mNGS检测时,如患者为严重的粒细胞减少或严重的细胞免疫缺陷继发HAP时,除重点关注一般细菌外,真菌、病毒和胞内菌等机会性感染也需重点关注。

　　共识10：建议HAP患者开展mNGS检测时,如检测到嗜肺军团菌,需要考虑是否存在院内供水污染等情况。

　　共识11：建议HAP患者开展mNGS检测时,如检测到支原体和衣原体,需要考虑是否存在院内污染。

　　共识12：建议HAP患者开展mNGS检测时,如检测到常见的口腔定植菌,需要考虑是否存在机械通气和误吸等情况。

　　共识13：建议HAP患者开展mNGS检测时,如患者有持续性严重的免疫缺陷症如艾滋病、中性粒细胞减少症等,检测到真菌且针对用药无效时,需要结合流行病学情况等考虑真菌耐药的可能。

　　共识14：建议HAP患者开展mNGS检测时,如检测到常见的呼吸道相关病毒时,结合该病毒流行病学情况,同时关注患者是否存在流行病学接触史,参考血清IgM抗体和 IgG抗体的情况综合考虑。

　　共识15：建议HAP患者开展mNGS 时,如果检测结果为阴性,可以针对临床可疑的微生物进行PCR 验证,同时阴性结果对于排除感染具有较好的阴性预测意义,但需要结合其他检测结果综合考虑。

　　02、阴性结果的解读

　　在标本采集合格、运输规范的前提下,呼吸道感染标本较易检出病原微生物。对于阴性报告,需要结合患者的情况进行具体分析。

　　①考虑患者是否已不存在感染性疾病;

　　②明确送样前患者是否已经进行抗感染治疗用药,再根据具体的临床信息,判断低于报出阈值的致病菌是否有可能为患者感染病原菌。

　　③如不能排除感染,检测结果又没有符合临床的病原菌,可以考虑是否为胞内菌感染

　　④为减少mNGS检测中由RNA病毒或者混合感染引起HAP的假阴性结果,改善患者预后,除了检测DNA可加做RNA病毒检测项目,或者进行DNA和RNA共检测。

　　共识7-15是对HAP患者常见感染的说明，对于检测结果均需要结合临床进行解读，才能最贴切患者的症状，形成最明确的治疗方案。常见条件致病微生物和口腔定植微生物为HAP患者主要感染源，故在临床解读中建立条件致病菌的基线尤为重要。同时耐药基因和毒力基因的检测对于临床判读具有借鉴意义。

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